Fullmäktigemötet väljer styrelseledamöter förutom ordförande och ytterligare en ledamot som utnämns i ett särskilt förordnande från Hovstaterna. Dessa två personer ingår också i fullmäktige.
För att bereda frågor till styrelsen och för att kunna delegera vissa specifika uppgifter har fyra styrelseorgan inrättats: styrelsens Högskole-, Sjukhus-, Forsknings- och Kapitalutskottet. Arbetet i styrelsens utskott sker efter fastställda instruktioner.
Sophiahemmet, ideell förening (SHIF) är moderorganisation i koncernen.
Utbildningen bedrivs inom ramen för SHIF i Sophiahemmet Högskola (SHH). Uppdragsutbildningen bedrivs genom det helägda dotterbolaget Sophiahemmet Uppdragsutbildning AB (SHUAB) som tillsammans utgör högskolan.
Sjukvården bedrivs genom det helägda dotterbolaget Sophiahemmet AB (SHAB) där verksamheten bedrivs i egen regi eller genom samverkande vårdgivare, som tillsammans utgör Sophiahemmet Sjukhus.
Sophiahemmet bedriver även patientnära forskning.